فلسفه اصلى مخفى بودن قبر حضرت زهرا سلام الله عليها و بى نشان بودنش مربوط مى شود به وقايع و جسارتهايى كه از طرف خلفاى وقت و اطرافيان خلفا ، به آن بزرگوار وارد شده بود ، در اين زمينه نقل شده است كه حضرت زهرا (س) زمانى كه وقت رحلتشان نزديك شد و در بستر به حالت احتضار بسر مى‌بردند ، حضرت على عليه السّلام بر بالاى بسترشان آمدند و بعد از صحبتهايى كه با همديگر كردند ، حضرت فاطمه (س) اجازه خواستند تا چند وصيّت به همسرشان على عليه السّلام كنند . ( حجه اللّه النجفى الرضوى الاميرى ، احتجاج الزهرا فاطمه ، انتشارات فروزان ، چاپ دوم ، ص 210)
از جمله وصاياى حضرت زهرا (س) به على عليه السّلام اين بود كه فرمودند : اى پسرعمو ! اگر تا چند ساعت ديگر از دنيا رفتم جنازه‌ام را شبانه تشييع كنو مراسم تشييع مرا اعم از غسل و كفن و نماز خواندن و دفن كردن بايد در محيطى مخفى و پنهان انجام دهيد و فقط به كسانى اجازه در تشييع دهيد كه ظلم وجفا نسبت به من روا نداشته‌اند و حتّى به يك نقل ، حضرت زهرا(س) تصريح كردند كه نگذاريد ابى‌بكر و عمر بر من نماز بخوانند و در تشييع جنازه من شركت كنند.
حال بحث در اين‌است كه علّت اجازه ندادن حضرت زهرا (س) در مراسم تشييع حضرت بيانگر چيست ؟ يقيناً حضرت زهرا (س) با اين كارشان مى‌خواستند بار ديگر همانند جريان فدك مبارزه‌ى جديدى را با وصيّت‌نامه سياسى خويش شروع كنند كه ضربه سهمگينى به حكومت غاصب وقت وارد سازند . ( خشاوى ، شهين ، زندگانى سياسى حضرت زهرا (س) ، تهران ، نشر عابد ، چاپ اول ، 1378 ، ص 280 ).
فاطمه اطهر (س) با وصيّت خويش افكار خفته مردم مدينه را بيدار مى‌ساختند وتوجه افكار عمومى را نسبت به پايمال كردن حقّ خويش جلب مى‌كردند ( عاملى ،سيد جعفر مرتضى ، رنجهاى زهرا (س) ، ترجمه محمد سپهرى ، قم ، نشر ايام ، چاپ اول ، 1378 ، ص 223) اميرالمؤمنين با عمل به وصيّت زهرا (س) اذهان جامعه را دچار شك و ترديد كردند و مشروعيت خليفه را زير سؤال بردند و مظلوميت حضرت زهرا (س) را بيشتر آشكار ساختند و اين سؤال را هميشه براى همگان مطرح كردند كه چرا قبر زهرا (س) مخفى مانده است . بدين طريق زمانيكه حضرت زهرا (س) از دنيا رفتند مردم سراسيمه به خانه حضرت زهرا (س) مى‌آمدند ومنتظر بيرون آمدن جنازه بودند كه على عليه السّلام به ابوذر فرمودند : بروو با صداى بلند اعلام كن كه برگردند چرا كه تشييع جنازه دختر رسول‌خدا امشب صورت نمى‌گيرد و به تأخير افتاده‌است . مردم كه متفرق شدند حضرت على عليه السّلام با كمك اسماء بدن حضرت را غسل و كفن كردند و در نيمه شب با عده‌اى از نزديكان و ياران خويش كه عبارت بودند . از : سلمان ، ابوذر ، مقداد ، عمار ، عباس و زبير و چند تن ديگر به همراه على عليه السّلام جنازهدختر رسول‌خدا را شبانه تشييع كردند و شبانه به خاك سپردند و حضرت على عليه السّلام قبر حضرت فاطمه (س) را هم‌سطح زمين كردند و حتى روايت شده در چند نقطه در بقيع حضرت ، قبر درست كردند تا دشمنان متوجه نشوند كه قبر حضرتفاطمه (س) كدام‌يك است و اين راز مخفى ماندن قبر فاطمه (س) براى هميشه مانده است و كسانى هم كه حضور داشتند ديگر بعدها محل اختفاء قبر فاطمه (س) را بيان نكردند . ( مجلسى ، محمدباقر ، بحارالانوار ، ترجمه محمدجواد نجفى ،انتشارات اسلاميه ، 1354 ، جلد دهم ، ص 195).
مرحوم شيخ صدوق در علت دفن شبانه آن حضرت مى‌نويسد : عَنِ الْحَسَنِ بْنِ عَلِىِّ بْنِ أَبِى حَمْزَهَ عَنْ أَبِيهِ قَالَ سَأَلْتُ أَبَا عَبْدِ اللَّهِ عليه السلام لِأَىِّ عِلَّهٍ دُفِنَتْ فَاطِمَهُ ( عليها السلام ) بِاللَّيْلِ وَ لَمْ تُدْفَنْ بِالنَّهَارِ قَالَ لِأَنَّهَا أَوْصَتْ أَنْلا يُصَلِّىَ عَلَيْهَا رِجَالٌ [ الرَّجُلانِ ] . على بن ابوحمزه از امامصادق عليه السلام پرسيد : چرا فاطمه را شب دفن كردند نه روز ؟ فرمود : فاطمه سلام الله عليها وصيت كرده بود تا در شب وى را دفن كنند تا ابوبكر و عمر بر جنازه آن حضرت نماز نخوانند . ( الصدوق ، أبو جعفر محمد بن على بن الحسين ( متوفاى 381 ه ) ، علل الشرايع ، ج 1 ، ص 185 ، تحقيق : السيد محمدصادق بحر العلوم ، ناشر : منشورات المكتبه الحيدريه ومطبعتها - النجف الأشرف ، 1385 - 1966 م ) .
مرحوم صاحب مدارك رضوان الله تعالى عليه مى‌گويد : إنّ سبب خفاء قبرها ( عليها السلام ) ما رواه المخالف والمؤالف من أنها ( عليها السلام ) أوصت إلى أمير المؤمنين ( عليه السلام ) أن يدفنها ليلا لئلا يصلى عليها من آذاها ومنعها ميراثها من أبيها ( صلى الله عليه وآله ) . علت مخفى بودن محلدفن فاطمه سلام الله عليها آن گونه كه مخالف و موافق نقل كرده‌اند اين استكه آن حضرت به اميرمؤمنان عليه السلام سفارش كرد تا او را شبانه دفن كند تا آنان كه او را اذيت كرده و از ارث پدرش محروم كرده بودند بر وى نماز نخوانند . ( الموسوى العاملى ، السيد محمد بن على ( متوفاى 1009 ه ) ، مدارك الأحكام فى شرح شرائع الاسلام ، ج 8 ، ص 279 ، نشر و تحقيق مؤسسه آل البيت عليهم السلام لإحياء التراث ، الطبعه : الأولى ، 1410 ه).
بنابراين با توجه به مطالبى كه عرض شد ، علت مخفى ماندن و بى نشان ماندن قبر آن حضرت را مى توان در امور زير خلاصه كرد :
1- اينكه ، دشمنان و غاصبان حق آن مظلومه به قبر آن حضرت دسترسى نداشته باشند تا روزى در صدد نبش آن برنيانيد .
2- اينكه ، خود آن حضرت خواستند كه شبانه و مخفيانه ، دفن شوند كه به تبع آن قبرشان مخفى بماند.
3- با توجه به محتواى وصيت ايشان در مورد دفن آن حضرت مى توان گفت كه مى خواستند با اين كار ، افكار عمومى را بيدار كرده و مردم را نسبت به ظلم حكام زمانشان نسبت به ايشان و على ( ع ) ، آگاه سازند ، و لذا ، اين سوال را كه چرا قبر حضرت فاطمه (س) مخفى ماند را براى هميشه در اذهان مردم زنده نگه دارند . اما پيامبر اكرم صلى الله عليه و آله با چنين شرائطى روبرو نبود لذا قبر مطهر آن بزرگوار معلوم و با نشان است .
در پايان نقل يك قضيه خالى از لطف نيست : مرحوم آيت الله مرعشى نجفى (ره) ازپدر بزرگوارش مرحوم حاج سيد محمود مرعشى نقل مى‌كردند كه آن مرحوم در صددبود كه به هر وسيله‌اى كه ممكن باشد ، محل دفن‌حضرت زهرا را به دست آورد ،به اين منظور ختم مجربى را آغاز مى‌كند و چهل شب آن را ادامه مى‌دهد ، تا درشب چهلم به خدمت حضرت باقر و يا حضرت صادق عليهما السلام شرفياب مى‌شود ،امام (ع) به ايشان مى‌فرمايد : « عليك بكريمه اهل البيت» به دامن كريمه اهلبيت پناه ببريد .
عرض مى‌كند : بلى من هم اين ختم را براى اين منظور گرفته‌ام كه قبر شريف بى‌بى را دقيقا بدانم و به زيارتش بروم .
امام (ع) فرمود : منظور من قبر شريف حضرت معصومه در قم مى‌باشد. سپس ادامهداد : براى مصالحى خداوند اراده فرموده كه محل دفن حضرت فاطمه همواره مخفىبماند و لذا قبر حضرت معصومه را تجليگاه قبرآن حضرت قرار داده است. هر جلال و جبروتى كه براى قبر شريف حضرت زهرا مقدّر بود خداوند متعال همان جلال و جبروت را بر قبر مطهر حضرت معصومه (س) قرار داده است . ( كريمه اهل بيت ، ص 43 )